“自主创新，重点跨越，支撑发展，引领未来”是我国“十一五”科技工作的战略方针；加强多种技术的综合集成，重点攻克重大疾病防治和新药创新的关键技术，突破重大灾害和事故的防范和应急处理技术，提升人口健康的公共安全和城镇化与城市发展等社会公益领域服务能力为卫生行业主要目标。几年来，我院一直坚持以科技兴院为目标，重视科研工作发展，抓住机遇，组织科技人员学习和领会“十一五”科技战略思想和目标，充分发挥信息资源，立足横向联合，积极组织申报，迄今为止，已获得国家重大合作课题两项，重点合作课题一项。
　　国家重大合作课题两项：1、我院副院长、福建省眼科研究所长、眼科学博导徐国兴教授获得与北京市眼科研究所等合作的“十一五”国家科技支撑计划“现代服务共性技术支撑体系与应用示范工程”重大科研项目。2、福建医科大学高血压研究室副所长、我院心血管内科主任、内科学硕导林金秀教授获得与北京埠外医院等合作的“高血压综合防治研究”重大科研项目。
　　重点合作课题一项：我院神经内科主任医师、硕士生导师吴钢获得与广州中医药大学第二附属医院等合作的“重大疑难疾病中医药防治研究”重点科研项目，主要开展缺血中风辨证诊断规范和疗效评价的示范研究。
　　此外，我院院长、外科学博导、林建华教授的“神经营养因子基因修饰的骨髓间质干细胞移植治疗脊髓损伤”课题，荣获2006年国家教育部博士学科专项科研基金资助；眼科学博导、徐国兴教授的“巨噬细胞表面TOLL样受体－4在真菌性角膜炎中的作用机制研究”课题，获得省部共建－国家重点实验室培育基地开放课题科研基金。上述课题的立项资助，标志着我院的医疗、科研跻身国家重大项目合作课题研究之列，这将推动我院医疗、教学、科研的整体发展。此外，我院院长、外科学博导、林建华教授的“神经营养因子基因修饰的骨髓间质干细胞移植治疗脊髓损伤”课题，荣获2006年国家教育部博士学科专项科研基金资助；眼科学博导、徐国兴教授的“巨噬细胞表面TOLL样受体－4在真菌性角膜炎中的作用机制研究”课题，获得省部共建－国家重点实验室培育基地开放课题科研基金。上述课题的立项资助，标志着我院的医疗、科研跻身国家重大项目合作课题研究之列，这将推动我院医疗、教学、科研的整体发展。